リアルタイムPCR法とマスアレイ法の違いについて
概要
SNP（Single Nucleotide Polymorphism：一塩基多型）は、DNAの配列において、個体間で一塩基異なっている部分を指します。SNPによって体質などに異なる特徴が生じるとされており、薬剤応答性にも関係することがわかってきていることから、SNP解析はオーダーメイド医療への応用が期待されています。
本資料では、SNP解析法の中でもリアルタイムPCR法とマスアレイ法の特徴を紹介します。調べたいSNP箇所やSNP数、出現頻度などに合わせて手法を使い分けることが有効です。
| リアルタイムPCR法 | マスアレイ法 | ||
|---|---|---|---|
| 検出方法 | プローブ法による蛍光検出 | MALDI-TOF-MSによる質量分析 | |
| 検出数/1測定 | SNP箇所 | 1か所 | 最大40か所 |
| サンプル数 | 最大94*1 | 最大190*1 | |
| 特徴 | • SNP箇所ごとのプローブが必要 • 2つの対立遺伝子に対して3つの型に分類*2 | • 解析ツールのデザインが必要（一部デザイン済み解析ツール有） • 対立遺伝子が3つ以上ある場合でも1回の測定で解析可能 | |
| 適用 | SNP数が少ない場合に最適 （低コスト、短納期） | 遺伝子検査サービスなど、多数のSNP箇所を調べる場合に最適 | |
*1 MST所有の装置にて測定する場合のサンプル数です。
*2 測定の結果、3つの型に分類されなかった場合は、出現頻度に基づいて塩基を推定します。事前にポジティブコントロールを作成することで、確実に分類することも可能です。
測定例
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＜リアルタイムPCR法＞ |
＜マスアレイ法＞ |
| SNPに特異的なプローブを用いて、2つの対立遺伝子の増幅をもとに分類し、SNPタイピングを行います。 | SNP一塩基分の質量差を生じさせたDNA断片に対して質量分析を行い、スペクトルをもとに塩基を決定します |
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図1「C」と「T」のプロット図 |
図2 複数のSNPを検出したスペクトルデータと拡大図 |
