タンパク質のショットガン解析(B0235)
LC/MS/MS：液体クロマトグラフィー質量分析法
概要
タンパク質の組成解析では、電気泳動後に目的のタンパク質のみを調べる方法もありますが、本資料ではタンパク質を網羅的に調べる「ショットガン解析」についてご紹介します。
ショットガン解析ではLC/MS/MS測定を用いてタンパク質の分離及び、質量情報の取得を行った後、データベース検索を行うことで溶液中に含まれるタンパク質を網羅的に調べることができます。
LC/MS/MSとデータベース検索の流れ
（1）前処理
（2）LC/MS/MS測定
- タンパク質の組成解析は（1）前処理、（2）LC/MS/MS測定、（3）データベース検索の3段階で行います。
- （1）前処理では、酵素を用いてタンパク質を断片化します。（2）LC/MS/MS測定では、前処理で断片化したタンパク質（ペプチド）を測定し、質量情報を取得します。（3）最後にデータベース検索を行い、質量情報に一致するタンパク質を調べます。
- データベース検索を行うソフトウェアでは～1,000程度のピークの質量情報を処理できるので、複数のタンパク質を同時に同定することが可能です。
- 様々な修飾、酵素処理に応じて検索することができます。
測定例
LC/MS/MS＋データベース検索で、タンパク質混合溶液からタンパク質の同定が可能です。